Nach übereinstimmenden Zeugenaussagen waren kurz vor halb zwei Uhr mittags die Schranken am Bahnübergang direkt neben dem Bahnhof Blaustein-Ehrenstein geschlossen. Eine Regionalbahn in Richtung Ulm hatte am Bahnsteig angehalten und der junge Mann näherte sich zu Fuß aus Richtung Stadtmitte dem Übergang. Für die Fußgänger war der Gehweg durch eine Schranke versperrt, daher lief der Mann auf der Fahrbahn der Gegenrichtung, um neben der Halbschranke vorbeizukommen. In diesem Moment kam aus Richtung Ulm ein Zug, der in Ehrenstein durchfährt und erfasste den jungen Mann. Er wurde zurückgeschleudert, der Zug kam rund zweihundert Meter weiter nach einer Notbremsung zum Stehen. Augenzeugen begannen sofort mit Erste-Hilfe-Maßnahmen, binnen weniger Minuten war die Feuerwehr Blaustein vor Ort, die gerade einen Brandeinsatz in der Nähe abgeschlossen hatte. Mit dem Notarzt wurde der 24-Jährige in ein nahegelegenes Krankenhaus gebracht, wo er rund eine Stunde später verstarb.
Drei Augenzeugen waren durch den Anblick so betroffen, dass sie medizinische Hilfe benötigten. Dazu waren neben drei Rettungswagen auch der Krankenwagen der örtlichen DRK-Ersthelfer-Gruppe im Einsatz. Für die psychosoziale Versorgung der Augenzeugen, für den Lokführer und die Bahnreisenden waren insgesamt sechs Notfallseelsorger vor Ort.
Verkehrspolizei, Bundespolizei und der Kriminaldauerdienst waren zu den Unfallermittlungen vor Ort. Zwei Notfallmanager der Bahn kümmerten sich um den Lokführer sowie die Fahrgäste und organisierten während der gut zweistündigen Sperrung der Bahnstrecke einen Bus-Ersatzverkehr.